Twee jezuïten, Sebastião Rodrigues en Francis Garrp, reizen in de zeventiende eeuw af naar Japan, dat onder het Tokugawa-shogunaat het katholicisme en alle andere buitenlandse contacten verbood. Daar zijn ze getuige van de vervolging van Japanse christenen door hun eigen regering die Japan wil zuiveren van elke westerse invloed. Uiteindelijk scheiden de wegen van de priesters en reist Rodrigues naar het platteland, waar hij zich afvraagt waarom God zwijgt terwijl Zijn kinderen lijden.
Zijn meest religieuze film is The Last Temptation of Christ (1988). Die werd hem niet in dank afgenomen door voornamelijk Amerikaanse conservatieve christenen, die hem het liefst persoonlijk wilden kruisigen. Silence zal minder tongen in beweging brengen en is zeker geen schandaalfilm zoals The Last Temptation of Christ.
Wat er zich in zijn geest afspeelt blijft een mysterie. Silence is immers meer een naturalistisch dan een lyrisch spiritueel epos dat twijfel en geloof laat samenvallen en daarbij uitkomt bij vragen en niet bij antwoorden. Slow cinema die onder de huid kruipt en blijft nazinderen.
Ondanks de duidelijke christelijke grondslag, heeft Silence de potentie om ook de interesse van niet-gelovigen vast te houden. Binnen de rode lijn van religie behandelt Scorsese universele thema's zoals compassie en vergiffenis, moed en lafheid, en schaamte en opoffering.
Met zijn authentieke vormgeving en panoramashots van het spectaculaire Japanse landschap is dit in de geschiedenis wortelende verhaal een feest voor het oog, mits de kijker over een sterke maag beschikt en niet wars is van filosofische terzijdes.
Silence verbeeldt een geloofsworsteling, maar is zelf geen geloofsworsteling zoals The Last Temptation dat was. Misschien speelt de diepe bewondering van Scorsese voor priesters, die hij al als jonge misdienaar had, hem nog parten.