Enkele jaren na de gebeurtenissen uit de eerste film is het Jaegerprogramma ten prooi gevallen aan corruptie en zijn de massavernietigingswapens in verkeerde handen gevallen. De machine Gipsy Avenger is hiervan een voorbeeld. Zijn voorouder is gewijzigd in een nucleaire atoomkop en het lijkt alsof Gipsy Avenger die erfenis in ere houdt. Aan Jake Pentecost en Mako Mori om een nieuwe generatie van Jaegerpiloten te leiden tegen een dreiging van Kaiju.
